La storia inizia con il protagonista Ellen Ripley, sopravvissuta all'incidente sulla colonia di Hadley's Hope, che si schianta con la navicella sul pianeta-prigione Fiorina 161, un mondo deserto e pericoloso abitato da detenuti. Dopo l'atterraggio, Ripley scopre che un uovo di alien si è aperto, portando alla nascita di un nuovo xenomorfo. La creatura si diffonde tra i prigionieri, creando una minaccia mortale. Ripley e gli altri devono unire le forze per sopravvivere e cercare di distruggere l'alieno, mentre affrontano anche la brutalità del loro ambiente e i pericoli interni. Alla fine, Ripley si sacrifica per eliminare la minaccia, portando a una conclusione drammatica della trilogia.